1978年10月，党中央、国务院批准国务院办公室党组10月6日（1978）室字28号《关于恢复国家编制委员会的建议》，国家编制委员会管理全国的行政编制，仍由国务院秘书长兼任主任（先后有金明、姬鹏飞、杜星垣），1名副秘书长分管（先后有吴庆彤、王伏林、宋一平），专职副主任金树望主持日常工作，祁鸣、胡明、周哲夫协助金树望工作。下设综合处、中央处、地方处。编制30人。

1982年5月，撤销国家编制委员会，与国家劳动总局、国家人事局、国务院科技干部局合并组成劳动人事部，内设编制局，下设办公室、中央处、地方处、事业处。编制30人。

1987年12月，为组织制订和实施国务院机构改革方案，中央决定成立国务院机构改革办公室。

1988年6月，国务院决定成立国家机构编制委员会，由总理兼任主任，办公室设在人事部，与国务院机构改革办公室一个机构、两块牌子。办公室的日常工作由人事部中央机构编制司和地方机构编制司承担。

1991年，为了加强中央对全国机构编制的领导，理顺各方面的关系，加强集中统一管理，严格控制机构编制膨胀，推进机构改革和行政管理体制改革，党中央、国务院决定成立中央机构编制委员会（以下简称中央编委），由总理兼任主任。中央编委是党中央的议事协调机构，在党中央、国务院领导下负责全国行政管理体制和机构改革以及机构编制工作，统一管理全国党政机关，人大、政协、法院、检察院机关，各民主党派、人民团体机关及事业单位的机构编制工作。中央机构编制委员会办公室（以下简称中央编办）是中央编委的常设办事机构，在中央编委领导下负责全国行政管理体制和机构改革以及机构编制的日常管理工作，既是党中央的机构，又是国务院的机构。

1994年，根据《中央编办职能配置、内设机构和人员编制方案》（厅字〔1994〕2号），中央编办设置综合司、一司、二司、三司、四司等5个内设机构和机关党委。

1998年，经中央编委批准，成立中央编办事业单位登记管理中心，为中央编办直属事业单位，承担《事业单位登记管理暂行条例》规定的事业单位登记管理职能，在登记管理活动中对外使用国家事业单位登记管理局的牌子和印章。2000年，根据《中央编办机构改革方案》（厅字〔2000〕30号）明确中央编办增加事业单位登记管理职能。

2004年4月，经民政部同意，成立了中国机构编制管理研究会，主要任务是研究行政管理体制改革和机构编制管理的理论和实践问题，为党和政府科学决策提供咨询服务的全国性的非营利的研究团体。中央编办为研究会的业务主管部门。

2004年12月，中央编委批准同意成立中央编办政策法规司，以加强机构编制规范化建设工作。2005年3月，为了进一步加强机构编制监督工作，中央编委批准同意设立中央编办机构编制监督检查司。

至2005年底，中央编办设置综合司、政策法规司、一司、二司、三司、四司、机构编制监督检查司等7个内设机构，设置机关党委（与人事司合署办公）。设置国家事业单位登记管理局、研究中心、机关服务中心3个事业单位。